Suomenlinna vankila sijaitsee Ison Mustasaaren itäosassa. Alueella jo ruotsalaisajalla olleet rakennukset sekä venäläisten rakentamat varastot ja puinen kasarmi on purettu. Vankilan eteläpuolella ovat 1800-luvulla rakennetut makean veden altaat. Kasvillisuus on rehevää ja maisema omaleimainen.
Vankilan käytössä on aiemmin ollut kaksi venäläisajalta peräisin olevaa tiilirakennusta sekä kevytrakenteisia majoitus-, päivystys- ja ruokalarakennuksia. Osa alun perin tilapäisiksi tarkoitetuista majoitusrakennuksista purettiin ja osa uusittiin täydellisesti. Purettujen parakkien tilalle rakennettiin neljä uutta rakennusta yhteensä 40 vangille.
Uudet, keskenään samanlaiset majoitusrakennukset sekä erillinen kokoontumistila rajaavat kiilamaisen pihan. Yksikerroksisten rakennusten katot on jaettu erikorkuisilla lappeilla pituussuunnassa kahtia. Pitkät ja kapeat pulpettikatot kohoavat kohti rakennusryhmän reunoja. Korkeimman vesikaton alla on tekninen tila ja oleskelutilan korkea osa.
Kussakin rakennuksessa on majoitushuoneet kymmenelle vangille, keittiö oleskelutiloineen sekä sauna ja huoltotilat. Majoitushuoneiden yksityisyyttä voidaan säädellä kapean ikkuna sisäpuolella olevalla, rei’itetystä vanerista tehdyllä luukulla. Tilat on suunniteltu muunneltaviksi myös muuta käyttöä varten.
Kaksi ensimmäistä majoitusrakennusta rakennettiin ”pitkästä puutavarasta”. Toisessa vaiheessa rakennusten rungot toteutettiin elementteinä. Ulkolaudoitus ja sisäverhoukset tehtiin paikalla.
Vaakasuuntainen ulkoverhous on kahdeksan tuuman pontattua kuusilankkua. Ulkoverhous, ikkunat ja ovet on maalattu öljymaalilla. Saunaosasto on käsitelty mustaksi öljy-tervamaalilla.
Rakennuksien sisäseinät ja -katot on verhoiltu vanerilla. Kantavat pilarit ja palkit ovat kertopuulevyjä ja liimapuuta. Sisäpinnat on viimeistelty puunvärisellä kuultokäsittelyllä.